企业申报高企当年申请或转让的专利、知识产权不予计分,知识产权获得要有延续性，如企业所有知识产权获证的时间都是同一时间段，会被质疑为临时包装，不被认可或分数极低。企业系统填报的软件著作权，区级组织现场考察时要求企业必须进行演示操作，所演示的功能需与系统提交的软著申请表中描述的功能一致。演示人员必须是参与本项目的研发人员。部分地区要求对软件的源码进行修改，及功能确认。
企业研究开发费用必须“三表一致”。即企业年度所得税纳税申报表( A104000期间费用明细表)、企业财务报表、研发投入专项审计报告中的企业研发费用数据要求一致。企业核心高新技术产品(服务)， 须提供对应的合同、发票、知识产权证明。
产学研协议的签订时间需在2017-2019年,申报当年签订的不予计分，目需提供产学研合作的记录证明(如项目支出的发票及凭证等)。
南京高新企业技术申报对企业提交的申报材料整体的逻辑性要求越来越严格:专家评审、国家备案过程中，重点考核提交资料中是否体现“研发项目-科技成果高新技术产品-知识产权-技术领域“之间的相关性。
