南京高新技术企业申报认定专项审计（以下简称“高新专项审计”）工作政策性强、审计风险大，要求注册会计师应具有良好的职业道德，勤勉尽责，了解国家科技、经济及产业政策熟悉《高新技术企业认定管理办法》和《高新技术企业认定管理工作指引》等相关政策熟练掌握并有效执行《高新技术企业认定专项审计指引》，为帮助会计师事务所进一步提升高新专项审计质量，有效控制执业风险。
高新技术企业认定专项审计报告（简称“高新专审报告”）是高新技术企业认定的一项重要评审依据，用于评审确定申报企业近三个会计年度研究开发费用、近一个会计年度高新技术产品（服务）收入等重要指标数据，关乎高新技术企业认定工作客观性、公正性和真实性。
因高新技术企业享受企业所得税优惠，且地方政府对申报高新技术企业实行相关奖励政策等因素，企业申报高新技术企业积极性普遍较高。目前，部分企业存在委托科技中介机构代理申报高新技术企业，并由科技中介机构负责编制申报企业全部资料的情形。一些科技中介机构为了业绩，不如实编制申报高新技术企业资料。在高新技术企业认定申报过程中，申报企业为使研究开发费用总额达到高新技术企业认定条件，存在虚构、虚增委托外部研究开发费用的可能性。审计过程中，发现申报企业委托外部研究开发费用占比较高时，注册会计师应对申报企业支付的委托外部研发费用的真实性和合理性予以重点关注。申报企业研发费用占销售收入比例等关键指标处于临界状态时，注册会计师应重点予以关注。例如：企业近三个会计年度的研究开发费用总额占同期销售收入总额的比例刚好达到高新技术企业的认定标准。
