两种途径在南京商标注册申请审查方面并无差别。其主要区别是发生联系的方式、提交的书件、文件递交和送达方式稍有差别。在发生联系的方式方面，自行办理的，在办理过程中申请人与商标局直接发生联系;委托商标代理机构办理的，在办理过程中申请人通过商标代理机构与商标局发生联系，而不直接与商标局发生联系。在提交的书件方面，自行办理的，申请人应按规定提交相关书件;委托商标代理机构办理的，申请人还应提交委托商标代理机构办理商标注册事宜的授权委托书。在文件递交方式方面，申请人自行办理的，由申请人或经办人直接将申请文件递交到商标局商标注册大厅(也可到商标局驻中关村国家自主创新示范区办事处，商标局在京外设立的商标审查协作中心，或者商标局委托地方工商和市场监管部门设立的商标受理窗口)，申请人也可以通过网上申请系统提交;代理机构可以将申请文件直接递交、邮寄递交或通过快递企业递交商标局，也可以通过网上申请系统提交。在文件送达方式方面，申请人自行办理的，商标局的各种文件是送达当事人;委托商标代理机构办理的，文件送达商标代理机构。
国内的申请人申请商标注册或者办理其他商标事宜，有两种途径：一是自行办理;二是委托在商标局备案的商标代理机构办理。自行办理的，可以通过网上服务系统在线提交商标注册申请，提交方法详见“网上申请”栏目;也可以到商标局注册大厅、商标局驻中关村国家自主创新示范区办事处、商标局在京外设立的商标审查协作中心，或者商标局委托地方工商和市场监管部门设立的商标受理窗口办理。外国人或者外国企业在中国申请商标注册和办理其他商标事宜的，应当委托依法设立的商标代理机构办理，但在中国有经常居所或者营业所的外国人或外国企业除外。
